Den 15.08.1940 skete en sabotageakt i Ostende, hvilken torpedoregulerlingstedet og torpedolageret med 42 torpedoer faldt til offer.  Ved omkringflyvende splinter og vrakdele blev bådene "S 24", "S 31", "S 35" og "S 37" så stærkt beskadiget at de måtte sejle til værftet i Tyskland. Derved var den 2. SFltl faktisk faldet ud og den 1. SFltl med bådene "S 18", "S 20", "S 21", "S 25", "S 26" og "S 27" blev beordret til Rotterdam den 19.08.1940, for at operere fra der på konvojer foran Themsemundingen. I den følgende tid blev torpedo- og mineindsatse føret igennem i veksel.

Den 22.08.1940 blev "S 201" (Lt.z.S. Ulrich Roeder) inført i flåden ved Gusto-værftet i Schiedam, den 23.08. fulgte ved Lürssn "S 55" (Oblt.z.S. Opdenhoff). Den 26.08. blev af de den 15.08.1940 beskadigte både "S 37" og den 27.08. "S 36" så vel som den 31.08. "S 33" klar igen.

Den 28.08.1940 løb den 1. SFltl med "S 27", "S 26", "S 21", "S 25" og "S 18" forstyrket ved "S 54" fra den 3. SFltl ud fra Rotterdam. "S 19" og "S 22" skulle støde dertil fra Hook van Holland. Målet var en konvoj meldet øst af Great Yarmouth som bestod af 14 skibe. På marchen fik kommandøren af 1. SFltl rapporten at "S 19" var løbet på en mine, "S 22" slæbte båden. Om natten friskede vinden op til Beaufort 6 fra SSV med søgang 4 - 5 således at flotillen måtte sejle tilbage. Ved at løbe ind ramte "S 26" pieren. Et andet forsøg om aftenen af den 31.08. måtte også blive brudt af på grund af vejret.

I sine "Erindringer af Schnellbootsindsatsen i Vesten 1940 - 1945" ("Erinnerungen an den Schnellbootseinsatz im Westen 1940 - 1945") skriver den forhenværende 1 A op i Stabet af F.d.S., Kptlt. a.D. Bernd Rebensburg: "... Desuden kan faststilles at vores UK-instrumenter .... allerede 1940 blev hørt med af Englænderne ... siden sit brug forrådede os, blev det fra 1941 hellere benyttet som FuMB (Funkmeßbeobachtungsgerät = ESM) ..."

Den 01.09.1940 løb den 2. SFltl ind i Ostende som forstyrkning. I begyndelsen var det bare bådene "S 33", "S 36", "S 37" og "S 55". Nu var der 10 indsatsklare både ved vestfronten. Den 1. SFltl havde i natten til den 01.09. og i den følgende nat udført et frugteløst fremstød imod konvoj-ruten. Den første planlagde indsats af den 2. SFltl for natten 01./02.09. faldt ud siden u-bådsjageren "UJ 121" efter e minetræffer synkede fioran havnindfarten og blokerede den for nogen dage.

I natten til den 03.09. forløb et fremstød af den 1. SFltl imod en konvoj ved Smith Knoll frugteløs, såden gik det også den 2. SFltl ved et fremstød imod en konvoj ved Orforness.

I natten derefter havde den 1. SFltl med "S 18, "S 21", "S 22" og "S 54" en succes at vise op. "S 21" (Oblt.z.S. Klug), meldete forsænkning af to dampskibe med 6000 og 8000 BRT, "S 18" (Oblt.z.S. Christiansen) meldete to dampskibe med 8000 og 5000 BRT forsænket og "S 22" (Oblt.z.S. Grund) et tankskib af 12000 BRT så vel som "S 54" (Lt.z.S. Wagner) en destroyer af Imogen-klasse. De virkelige tabe på den britiske side var: Fragtskibet "Corbrook" (1729 BRT) og fragtskibet "New Lambton ("709 BRT) ved "S 21", fragtskib "Joseph Swan" (1571 BRT) og den nederlandske "Nieuwland" (1075 BRT) ved "S 18", fragtskibet "Ewell" (1350 BRT) ved "S 54" og fragtskibet "Fulham V" (1562 BRT) ved "S 22".

Flag "Z" op i et angrebsøvelse før krigen på en båd type S 14 - Billede: PK-Foto

Den 08.09.1940 kom den 3. SFltl (Kptlt. Kemnade) fra Kiel med bådene "S 1", "S 10", "S 11" og "S 13" som forstyrkning. Ved anstyringen af  Vlissingen ramte sig "S 1" og "S 13" let, en skute traf "S 10" i hækket i havnen, sådan at bare "S 11" og "S 13" var klar for indsats.

S 13" løber ind i Wilhelmshaven (Billede: Fr. Meier "Kriegsmarine am Feind") 

Derefter fulgte en hvile som blev tvunget til pågrund af vejret indtil natten 21.09.1940. Den 2. SFltl sejlte et fremstød med bådene "S 30", "S 33", "S 37" og "S 55" imod the britiske konvøj-rute. I den følgende nat blev igen et resultløs fremstød ført ud.

Den 29.09.1940 blev en mineundertagelse imod konvøj-ruten brudt af ved den 2. SFltl med "S 30", "S 33", "S 34", "S 36", "S 37" og "S 55" på grund af vejret.

Under en yderlige mineundertgelse imod konvøj-ruten den 03.10.1940 med de samme både måtte "S 33" dreje rundt tideligt med maskinskade. Fra den 04. til den 10.10.1940 fandt der ingen indsatse af flotillen sted på grund af vejret.

I natten 11./12.10.1940 ved en mineundertagelse a f flotillen imod den britiske konvøj-rute blev mineudlegningen udført in en anden position end ordret, derved løb "S 37" på en mine. brød i to stykker og synkede. 13 mand faldt: chefen Oblt.z.S Hans Schultze-Jena, ObFhr.z.S Heinrich Schlösser, ObBtsm.Mt. Gerhard Schramm, Fk.Mt. Josef Weitner, Masch.ObMt. Karl Pöpel, Masch.Mt. Friedrich Krückemeyer, Matr.ObGefr. Günter Böckstiegel, Matr.ObGefr. Alfred Lorz, Fk.ObGefr. Jakob Rehsen, Masch.ObGefr. Heinz Polte, Matr.Gefr. Helmut Schilder, Fk.Gefr. Johannes Herzog, Masch.Gefr. Georg Vollmer. Af de 11 ved "S 30" reddete besætningsmedlemmer døede senere Mech.ObGefr. (T) Helmut Wessels og Masch.ObGefr. Walter Becker af deres såre.

Den 3. SFltl var i søs med "S 18", "S 24", "S 33", "S 54" og "S 12" men fandt ingen måle.

Den 13.10. ved et fremstød på en konvøj på 70 skibe ved Burnham sigtede flotillen ingenting. Den 2. SFltl måtte bryde af den planlagde mineundertagels på grund af vejrsituationen.

Den 12.10. kom ordren af F.d.T.  for 1. SFltl at flytte til Rotterdam, flytningsfarten den 13.10. blev brudt af på grund af det dårlige vejr. Fra Rotterdam opererede den 1. SFltl resultatløs imod den engelske østkyst, mens den 2. SFltl med "S 33", "S 36", "S 30", "S 55" og "S 56" udlagde miner øst af Orfordness. "S 56" blev på farten tilbage let beskadiget ved en minetræffer og måtte gå  i værft.

I natten 16./17.10. fandt den 1. SFltl konvøjen ved Great Yarmouth den Konvoi, som den var an på men den kunne ikke nærme sig uopdaget på grund af den lyse måneskin. Bådene blev taget under fyr a en destroyer på star afstand. Den 3. SFltl brød af deres mineindsats på grund af vejret.

Til trods af det herskende efterårsvejr greb den 1. SFltl ved Smith Knoll konvøjen FN.311 an. "S 18" (Oblt.z.S. Christiansen) fyrede to torpeoder på et fragtskib på 6000 BRT og et tankskib på takseret 7000 BRT. Fragtskibet synkede, af tankskibet synkede hækket. "S 24" (Oblt.z.S. Töniges) meldete to træffer på et tankskib af 12000 BRT og "S 27" (Oblt.z.S. Büchting) torpederede et fragtskib på 7000 BRT. Bådene undslippede fra en destroyer som havde opdaget dem med ASCIC (Sonar) og tog dem under fyr, med højest fart. WEhrmachtsbericht ( Forsvar-reporten) meldete at flotillen havde synket to fragtskibe og to tankskibe på 33000 BRT ialt. I virkeligheden synkede "S 18" fragtskibet "Hauxley" ( 1595 BRT), "S 24" og "S 27" torpederede kulfrgtskibet "Gasfire" (2972 BRT), som var blivet takseret som tankskib på grund af den agtern stående skorsten, og det franske kulfragtskib  "P.L.M. 14" (3754 BRT). Begge kunne blive slæbet ind.

I den samme nat udlagde den 2. SFltl en minespærring mellem Kentish Knock og Shipwash.

Undertagelsen "Seelöwe" blev i midten i oktober 1940 udskydet definitivt. Til dette tidspunkt havde S-bådene til trods af hindringerne ved vejret og motorproblemer og andre skader til bådene fra fegtninger med britiske bevogtninger og ved bombeangreb i havnene forsænket de britiske fragtskibe "Cotbrook", "New Lambton", "Fulham V", "Ewell", "Joseph Swan", "Continental Coaster" lige som de hollandske fragtskibe "Nieuwland"  og  "Stad Alkmaar". Successene af minespærrene udlagt af S-bådene er ikke blevet rapporteret.

Den 21.10.1940 anordnede Gruppe West flytningen af den 1. SFltl til Norge og dermed underordning under Gruppe Nord. Derved forblev kun den 2. SFltl med fem både "(S 30", "S 33", "S 34", "S 36" og "S 55") og den 3. SFltl med 3 både ("S 12", "S 54" og "S 57") i Vestrummet. Den 1. SFltl traf ind i Bergen den 28.10.1940 med bådene "S 20", "S 24", "S 27" og "S 28". "S 25", "S 26" og den nye "S 38" skulle følge til Bergen når den var klart. Bådene "S 19" og "S 21", som hertil havde tilhørt til den 1.SFltl blev med færdigstilling tildelt til den ny opstilte 4. SFltl.

S-båd type S 38 ved Boulogne vinter 1940/41 - Billede: Arkiv Roger Albrigtsen

For at kunne operere fra Norge på Shetlands Øerne blev den 1. Sfltl flyttet til Stavanger den 30.10.1940. Fra den 04.11.1940 førte flotillen escortopgaver igennem. Den 11.11.1940 blev den 1. SFltl undtagen to både, som videre lavede escorttjeneste, igen understilt Gruppe West. 

Med de få både forblevet i Vestrummet blev så vel mine- som torpedoindsatse ført igennem. Høstvejret lod enda ikke mange insatse til. Først den 19.11.1940 fulgte fulgte igen en indsats, ved den "S 38" (Oblt.z.S. Dethlefsen) bled forsænket ved artilleritræffer af de britiske destroyere "Campbell" og "Garth". Derved var der mange sårede, fem faldene og 18 fanger (derimellem chefen). 

S 33" passerer en større ejen enhed indløbende (Billede: Fr. Meier "Kriegsmarine am Feind") 

Om at operere fra Norge imod Shetland Øerne skulle den 1. SFltl den 30.10.1940 flytte til Stavanger hvad på grund af det dårlige vejr skete bare den 02.11.1940, flotillen flyttde den 04.11. til Kristiansand og den 05.11. tilh Frederikshavn, "S 24" og "S 27" måtte til Kiel for motror-opfiksning og "S 20" og "S 28" skulle føre ud escorter fra Frederikshavn, hvad ikke skete på grund af dårligt vejr. Den 11.11.1940 blev den 1. SFltl undtaget af to både som skulle endnu føre u d escorter igen understilt Gruppe West. 

Storm og tåge forhindrede til den 13.12.1940  videre indsatse. Den 3. SFltl fik med "S 58" (Lt.z.S. Geiger) og med "S 59" (Oblt.z.S. A. Müller) to nye både.  Den 21.12.1940 greb britiske flyvemaskiner fornyet kanalhavnene an. I Oostende blev "S 34" og "S 56" let beskadilget, "S 33" måtte gå i værftet. Den eneste successfulde indsats var den 23.12.1940: Alle tre flotiller var løbet ud for at operere på britiske konvojer. De stød på to stærkt sikrede konvojer, "S 28" forsænkede den britiske trawler "Pelton", lidt senere forsænkede "S 59" det hollandske fragtskib "Stad Maastricht". Bådene blev taget under fyr af destroyerene af escorten og blev trængt borte fra konvojen.

Til enden af året herskede stormvejr, så at bådene blev holdt fast i havnene. 

Begge sider under dette fase af krigen underlå fejl i takseringer:

De tyske S-både meldete forsænkning af 44 handelsskibe (230.500 BRT) ved torpedotræffer og forsænkning af 11.330 t af orlogsskibe. I virkeligheden forsænkede de 26 handelsskibe og hjælpeskibe (49.985 BRT) og tre destroyere. Syv handelsskibe (21.428 BRT) og to destroyere blev beskadiget.

Den britiske side troede på en dislocering af 50 både i tre flotiller hver på 12 til 14 både langs med den hollandske, belgiske of franske kyst.

De egene tabe var en minetræffer på "S 19" den 28.08.1940, båden kunne blive slæbet ind til Calais, svære skader ved bombetræffer på "S 36", splinterskade på "S 33", "S 37" og "S 13" ved et britisk angreb på Ostende og forsænkning af "S 23", "S 32" og "S 37" lige som 22 faldene hhv. døde, seks alvorlig sårede (derimellem også Kptlt. Kemnade), to let sårede og fire let sårede ved explosionen af torpedolageret i Oostende. 

Taktiken benyttet af S-bådene, at positionere sig langs med konvojruterne i lurepositioner uden tilstrækkelig luftoplysning og luftfølingsholdning førte dertil at bådene tit stød i det tomme.

I året 1940 blev 20 nye S-både indført i flåden. Med de tabte både en tilvækst af 16 både.